北京301醫(yī)院擁有1個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室、9個北京市重點實驗室，12個全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點實驗室，國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內(nèi)鏡下技術(shù)的完善與普及做了大量工作，為中國的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。

令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的快速發(fā)展，我國已從微創(chuàng)外科到超級微創(chuàng)外科的過渡?，F(xiàn)在廣義上的微創(chuàng)手術(shù)指的是微小創(chuàng)口的外科手術(shù)。然而微創(chuàng)發(fā)展到今天，它的概念已經(jīng)改變：相對于開腹、開胸而言，微創(chuàng)是用腹腔鏡、胸腔鏡等內(nèi)鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的發(fā)展，我們現(xiàn)在強調(diào)：在保留組織解剖結(jié)構(gòu)完整和保證器官功能的基礎(chǔ)和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創(chuàng)”，這也是未來醫(yī)學(xué)的發(fā)展趨勢。