北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱(chēng)“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防、國(guó)際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)學(xué)科，變態(tài)反應(yīng)(鼻過(guò)敏)科為原國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，中醫(yī)眼科學(xué)為國(guó)家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。首都醫(yī)科大學(xué)北京眼科學(xué)院和耳鼻咽喉科學(xué)院設(shè)在院內(nèi)。醫(yī)院設(shè)有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設(shè)北京同仁眼庫(kù)(國(guó)際眼庫(kù)協(xié)會(huì)會(huì)員)。
1886年，清光緒十二年，美國(guó)基督教“衛(wèi)理公會(huì)”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門(mén)的孝順胡同開(kāi)辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會(huì)”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會(huì)在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購(gòu)?fù)自褐?，開(kāi)始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專(zhuān)門(mén)結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長(zhǎng)得到了中華博醫(yī)學(xué)會(huì)的資助，聘請(qǐng)美國(guó)醫(yī)生潘提司先生來(lái)院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專(zhuān)門(mén)醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱(chēng)改為“賀約翰氏捐建美以美會(huì)醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱(chēng)再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長(zhǎng)被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開(kāi)發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開(kāi)發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會(huì)會(huì)督江長(zhǎng)川、美國(guó)代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會(huì)收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱(chēng)。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會(huì)。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長(zhǎng)。
1966年，文化大革命開(kāi)始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
青光眼科的臨床診療技術(shù)長(zhǎng)期居于國(guó)內(nèi)水平，接近國(guó)際水平，這是我們多年來(lái)的特色，也是在學(xué)術(shù)界常年保持水平的重要基礎(chǔ)。以惡性青光眼的診斷和為代表，在難治性青光眼的診斷和方面，始終處于國(guó)內(nèi)水平，這方面的研究成果先后獲得北京市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)和三等獎(jiǎng);在許多青光眼診斷技術(shù)的應(yīng)用方面，青光眼科都走在國(guó)內(nèi)同行的前列，比如應(yīng)用二極管激光睫狀體光凝技術(shù)各種難治性青光眼，應(yīng)用激光小粱成型術(shù)早期開(kāi)角型青光眼和殘余性青光眼，青光眼白內(nèi)障的聯(lián)合手術(shù)，非穿通小粱切除手術(shù)，引流植入物手術(shù)、粘小管成型術(shù)、小梁消融術(shù)、全周小梁切開(kāi)術(shù)先天性青光眼等。
在科研方面，近年來(lái)，在原發(fā)性閉角型青光眼和原發(fā)性開(kāi)角型青光眼發(fā)病機(jī)制和早期診斷方面做出重大成績(jī)，其科研成果連續(xù)獲得2013年和2014年國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)兩項(xiàng)，2012年中華醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)一項(xiàng)，北京科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)一項(xiàng)。同時(shí)多人多項(xiàng)目承擔(dān)國(guó)家和北京市重點(diǎn)科研項(xiàng)目。
