北京301醫(yī)院擁有1個國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、2個教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、9個北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，12個全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進(jìn)步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進(jìn)步一等獎21項。醫(yī)院承擔(dān)“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強(qiáng)率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達(dá)到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學(xué)與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強(qiáng)為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻(xiàn)，為中國消化道早癌的內(nèi)鏡下技術(shù)的完善與普及做了大量工作，為中國的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進(jìn)行列做出了積極的貢獻(xiàn)。